Olá Carlos. Antes de mais nada desculpe pela demora em lhe responder. Sou Thiago Falcão membro do conselho nacional da Abrasel, consultor em gestão de restaurantes e proprietário de restaurante.

Sobre sua dúvida acredito que não tenha muita dificuldade em resolver. Se puder detalhar melhor posso tentar lhe ajudar com possíveis soluções. Mas pelo o q eu entendi apenas o seu caixa não está batendo e nada tem haver sua dúvida com controle de estoque. Se for isso o primeiro passo é saber se o seu sistema tem a modalidade de vendas de pizza meio a meio. (Vale ressaltar que vários Procons pelo Brasil se posicionaram pela cobrança do valor proporcional de cada metade e não do valor total da mais cara. Importante verificar como funciona em sua cidade.) Caso seu sistema tenha essa possibilidade de venda de metades, tem q bater exatamente no caixa uma vez q ele já faz a gestão de divisão de valores. Caso não tenha essa possibilidade em seu sistema e vc não deseje mudar, sugiro cadastrar os possíveis sabores casados(ex.: mussarela/calabresa) já com os preços corretos. Dessa forma não teria como dar errado ao fim do seu caixa. O ruim em fazer isso é que a lista de itens fica bem extensa em seu sistema. Sugiro também que nada seja produzido por anotação manual(feita por caneta), que tudo q faça produção seja feita por comanda já lançada em sistema e impressa, isso vai ajudar mt na organização, controle e encerramento das contas.

Espero ter ajudado e a disposição caso precise.

Abraço!